О Гефсиманском гроте известно не так уж и много. В основном в христианских религиозных писаниях упоминается Гефсиманский сад, в котором развернулись трагические события, связанные с предательством Иисуса Христа и его арестом.
В настоящее время, именно Гефсиманский сад считается местом последнего моления Иисуса Христа перед его арестом. В те далекие времена, Гефсиманией звался не только сад, а и вся его окрестность у подножия западного склона Елеонской горы. Именно сюда, пришел Иисус со своими учениками после Тайной Вечери.
Согласно Новому Завету, Иисус и его ученики часто бывали в этом месте. Ночевать под открытым небом весной, не очень-то приятно: ночи еще холодны и обильные росы, поэтому предположительно Иисус нашел укрытие сухое и теплое, где он и его последователи коротали ночи. Предположительно это и есть грот, который находится немногим севернее сада. Он представляет собой большую пещеру со сводчатым потолком площадь, которой достигает почти 200 м.кв. В этом гроте были установлены пресса, которыми отжимали из олив масло. Отжимом масла занимались в этой пещере в осеннее-зимний период, а вот весной работы по отжиму прекращались и в гроте, где было сухо и тепло, можно было ночевать. В желающих отказа не было, потому как весной, в канун Пасхи, в Иерусалим стекалась масса паломников. Видимо и учитель с апостолами так же выбрали грот для ночевок. Знал об этом месте и Иуда и именно сюда привел он людей, которые взяли под стражу Иисуса. В Евангелиях описывается, как Иуда предал своего учителя, подойдя к нему после моления и поцеловав его, указав этим жестом воинам на нужного им человека.
С тех пор, минуло две тысячи лет, а каменные своды пещеры практически ни чем не изменились. В IV веке Гефсиманский грот был задействован под часовню. Во времена крестоносцев в гроте были преданы захоронению порядка сорока человек, останки которых были обнаружены в ходе исследований пещеры. Крестоносцы нанесли на стены свою символику и изображения Иисуса, молящегося о чаше в Гефсиманском саду, предательский поцелуй Иуды и Успение Пресвятой Богородицы.
В 50-е годы прошлого столетия, пещера была затоплена в ходе наводнения. С того периода для верующих и паломников, приезжающих посетить это святое место открыт северо-западный вход в пещеру.