Интерьер церкви - грота является строгим и простым. Единственная постоянная часть интерьера - маленький алтарь, единственная статуя, и каменный трон. На стенах едва заметны остатки фресок, и на полу могут быть замечены следы мозаик.
Позади церкви есть туннель, который выводит в горы, что как полагают, было средством спасения для последователей Христа во времена преследования. Мессы все еще служатся в Гроте Святого Петра, особенно в Праздник Святого Петра и Святого Павла (29 июня) и на Рождество. Около церкви расположен Харонион, каменный барельеф Эллинистических времен.